De Lynx werd in 1987 ontwikkeld door ingenieurs van Epyx, waar het systeem Handy werd genoemd. Dave Needle en R.J. Mical, twee van de Handy-ontwikkelaars, maakten ook deel uit van het oorspronkelijke Amiga-ontwikkelteam. Epyx liet het systeem voor het eerst zien aan computerbedrijven tijdens de CES in januari 1989, en het publiek was onder de indruk. Epyx had wat financiële problemen en het werd duidelijk dat ze de Handy niet zelf konden uitbrengen. Ze hadden een partner nodig en stuurden een uitnodiging naar verschillende kandidaten. Eén daarvan was Nintendo, die het project afwees. Een andere uitnodiging werd gestuurd aan Atari, dat zijn marktaandeel van beginjaren tachtig graag wilde terugveroveren. Atari en Epyx kwamen overeen dat Atari de productie en marketing voor zijn rekening zou nemen en Epyx voor de ontwikkeling van de software zou zorgen. Atari presenteerde het systeem aan de wereld op de CES in de zomer van 1989 onder de titel Portable Color Entertainment System.

Ook werd in 1989 de Game Boy bekendgemaakt. Vergelijkingen tussen de Lynx en de Game Boy waren snel gemaakt. De Lynx had veel krachtigere hardware en een backlit-kleurenscherm, maar de Game Boy was lichter, kleiner en verbruikte minder batterijen. De prijs van de Lynx was bovendien gesteld op 199 dollar, tegen 109 dollar voor de Game Boy van Nintendo. Aan het eind van het jaar lanceerde Atari de Lynx in een beperkte oplage, maar niet genoeg om geen tekorten te laten ontstaan. De Game Boy was goed verkrijgbaar en werd winnaar voor de vakantie weer aanbrak. De Lynx zou weer een jaar moeten wachten om weer tegen de Game Boy te concurreren.

Hoewel de Lynx nooit commercieel succesvol werd, had hij een paar fantastische spellen. Er waren arcadehalspellen zoals Joust, Rampart en Klax. Er waren ook titels van hoge kwaliteit, zoals Chip's Challenge, Warbirds en Gates of Zendocon, die lieten zien dat de Lynx een zeer krachtige spelcomputer was. Atari kon niet genoeg softwarebedrijven warm krijgen om software te blijven schrijven voor de Lynx, en in 1993 werd de aandacht verlegd naar de promotie en verkoop van de nieuwe console, de Atari Jaguar.

Ook heden ten dage bestaat er nog een actieve Lynxgemeenschap. Liefhebbers en verzamelaars spelen en praten nog steeds over het systeem. Er zijn ook nog wat ontwikkelaars, zoals Songbird, die nog steeds spellen voor de Lynx ontwikkelen. De meeste Lynxartikelen kunnen nog steeds worden gevonden en voor een redelijke prijs aangeschaft worden.