De MEGA STE is gebaseerd op STE-hardware. Deze biedt betere ST-compatibiliteit dan de TT, en bevat ook een aantal TT-functies; de ST-grijze versie van de TT-case met afzonderlijk toetsenbord en systeemeenheid, optionele FPU, twee extra RS232-poorten (9- pin in plaats van 25-pin, die eerdere modellen hadden), een LocalTalk / RS-422-poort, een 1,44 MB HD-floppy-ondersteuning, en ondersteuning voor een derde- of middelste muisknop. In tegenstelling tot het 1 MB-model, werden de 2 MB- en 4 MB modellen geleverd met een interne SCSI harde schijf, en een hoge resolutie monochroom monitor.

Ook bevat de MEGA STE een VMEbus-slot. De VMEbus biedt uitbreidingsmogelijkheden met behulp van kaarten die het vermogen van de computer verbeteren, zoals verbeterde grafische verwerking en Ethernet-netwerkconnectiviteit.

Ten opzichte van eerdere Atari systemen, is een bijzondere eigenschap van de MEGA STE de software-schakelbare CPU-snelheid. De CPU kan, voor een snellere verwerking, op 16 MHz draaien, of voor betere capabiliteit met oudere software, op 8 MHz. Nadat de eerste eenheden waren verzonden werd er een upgrade geproduceerd die de ingebouwde ROMs opwaardeerden naar TOS 2.05, en later naar 2.6/2.06.